Природата не е секогаш невина жртва на загадувањето. Така, исчезнувањето на водниот живот и загадувањето на оризовите полиња во и околу реката Банијапахит на островот Јава во Индонезија, не се должи на никаква човеково злодело туку за ова се виновни тиркизните води на едно езеро! Се работи за вода која го исполнува кратерот на активниот вулкан Кава Ижен, поради што обилува со варовнички киселини и отровни тешки метали . Доколку се излее низ падините на планината, ова езеро би претставувало закана за здравјето на околу 50 000 луѓе.
Веќе се знае дека вуканите испуштаат огромни колични CO₂ во првите фази на ерупцијата, а некои од нив дури се виновни и за хронични загадувања како што е случајот со веќе наведениот пример на вулканот на Јава, но и вулканите Руапеу (на Нов Зеланд) и Чигинагак (на Аљаска). Друг пример за загадување кое потекнува од самата природа се остатоците од бензин кои се среќаваат на плажите во Калифорнија, а кои во голем дел имаат природно потекло. И навистина, еден природен резервоар од јаглеводороди при ерупција спонтано исфрла до 16 000 литри сурова нафта дневно, на што треба да се додадат 100 000 m³ метан (гас кој го потпомага ефектот на стаклена градина), но и други состојки кои ја загадуваат локалната атмосфера. И ова не е изолиран случај. Томас Лоренсон од US Geologival Survay, тврди дека половина од загадувањето со бензин на морињата е од природно потекло. Но, повеќето од овие мини нафтени дамки се многу разредени и многу бргу се разградувани од некои видови на бактерии.
Листата на природни загадувачи е долга, но голем дел од нив имаат или премало влијание врз околината во глобала или пак нивната појава е премногу нередовна за научниците да ги земат предвид при изготвувањето на стратегии против загадувањето.